Важный этап процесса, который обеспечивает получение качественного шоколада.Основной принцип, по которому осуществляется сепарирование, зависит от разницы в плотности ядра какао-боба и оболочки. В сепарационном оборудовании используют две операции: просеивание и воздушное сепарирование. При небольшой производительности, этого способа достаточно для получения качественной крупки и обеспечения содержание какао веллы в крупке не более 1.5%. Большее содержании какао-веллы в крупке ухудшается вкус изделий, ухудшается и их пищевая ценность.